No decorrer de 1985, os Guardiões do Universo e toda a Tropa dos Lanternas foram surpreendidos com o pedido de demissão de Hal Jordan do cargo de Lanterna Verde, após o fim de seu período de um ano de exílio da Terra. Como nesta época, Guy Gardner, a 1ª opção de escolha dos Guardiões, estava hospitalizado, o ex- marine e arquiteto John Stewart, residente em Nova York, foi escolhido pelos Guardiões para ser o substituto de Hal Jordan na defesa do setor 2814. Curiosamente, Stewart não aceitou usar máscara, alegando não ter nada a esconder de ninguém. A Lanterna verde do setor 1417, Katma Tui, foi destacada para treiná-lo. Desde o início, este encontro viria a ser o início de um profundo amor entre os dois.
Em 1987, enquanto auxiliava Arqueiro Verde e Canário Negro no socorro às vítimas das catástrofes decorrentes da "Crise nas Infinitas Terras" fora convocado junto com inúmeros outros super-heróis, pelo ser conhecido como MONITOR para lutar na mesma. Durante a resolução de problemas decorrentes da Crise, Tomar-Re é ferido mortalmente em batalha pelo vilão ÁUREO, e entrega seu anel a John Stewart, que até então estava usando o anel que era de Hal Jordan. Um ano depois, Stewart e Katma casam-se oficialmente, vindo esta a morar com ele na Terra.
Durante a saga "Odisséia Cósmica", numa missão junto com o CAÇADOR DE MARTE ao planeta Xanshi, com o objetivo de desativar uma bomba implantada e armada pelos espectros da Antivida, Stewart decide agir sem a ajuda do parceiro e fracassa ao tentar deter a detonação da ogiva, que possuía energia de constituição amarela, com o saldo de bilhões de vidas exterminadas. este fracasso provoca efeito psicológico devastador em Stewart, que decide cometer suicídio com uma arma amarela, para que seu anel não o protegesse, sendo demovido da idéia pelo Caçador de Marte, após um diálogo convincente entre os dois.
Já na Terra, semanas depois da tragédia, o casamento de John duraria pouco tempo, pois alguns meses depois à data do matrimônio, Katma Tui seria assassinada por SAFIRA ESTRELA, rainha das Zamorianas. Stewart ficou muito abalado psicologicamente, e a principio culpava Jordan pela morte de Katma. Após ser derrotado e humilhado por Safira Estrela e incapaz de conseguir salvar algumas vítimas de um desmoronamento provocado por ela, John Stewart desiste do cargo de Lanterna Verde, atirando longe o anel que estava usando, que era o de Hal Jordan. Após ser preso por ser acusado de ter provocado toda a destruição cometida por Safira Estrela, é deportado para a nação africana de Nâmbia, e lá, após escapar da prisão com o poder de um anel reserva que Jordan entregou a ele, uniu-se a um grupo subversivo anti-racista. Jordan retorna ao país e luta violentamente com John, anel contra anel, no intuito de mostrá-lo que estava errado. Só a explosão de uma bomba num transatlântico fez John ver a realidade e aceitar continuar sendo um Lanterna Verde, porém decide passar um tempo fora do planeta, a fim de tentar colocar suas idéias em ordem.
Semanas depois, já de volta a Terra, não conseguindo organizar psicologicamente seus pensamentos e enfrentando conflitos interiores terríveis, vai até Oa em busca de respostas e encontra apenas um Guardião do Universo, Appa Ali Apsa, que aparentemente havia enlouquecido e tentara forçar um elo mental com Stewart. Todos os demais Guardiões tinham emigrado para o Planeta Maltus. Appa pretendia teleportar para Oa uma cidade de cada planeta, bem como a cidade maltusiana onde os Guardiões se encontravam. Após auxiliar os Guardiões remanescentes a derrotar Appa, é designado por eles a ser o defensor de Oa e guardião das Cidades-Mosaico, durante o período em que as cidades alienígenas lá permanecessem. Com este cargo de confiança, Stewart consegue um pouco de paz e ordem psicológicas.
Tempos depois, não mais como Lanterna Verde, fora líder do grupo de guerreiros DARKSTARS, criado pelos Controladores. Posteriormente, o grupo deixou de receber apoio dos criadores e seus trajes especiais perderam a energia concedida por eles. Passaram a lutar apenas com técnicas de batalha e tecnologia. Apenas alguns trajes ainda detinham energia de ataque e o de Stewart era um destes poucos. O grupo inteiro foi derrotado pelo vilão Grayven, filho de Darkseid, o conquistador de mundos e senhor do planeta Apokolips: Grayven já havia destruído 12 planetas e matado 19 membros do grupo. O grupo viajou até o planeta Rann, para auxiliar o herói local ADAM STRANGE na ofensiva. Quando a frota de Grayven chegou, o ataque foi devastador, matando diversos Darkstars, dentre eles, Kryssma, ex-Lanterna Verde e derrotou os restantes, quase matando Stewart. A vitória só foi conseguida com o auxílio do então Lanterna Verde Kyle Rayner. Em decorrência deste ataque de Grayven em Rann, Stewart chega a ter uma parada respiratória e chega a ficar paraplégico como seqüela. Fora curado por Hal Jordan PARALLAX, quando o visitou no hospital, horas antes de sua morte em A NOITE FINAL.
Em busca de vingança por ter seu planeta destruído, FATALITY, guerreira do extinto Xanshi, ao saber que um Lanterna Verde tinha sido o responsável pela destruição de seu mundo, passou a guerrear e assassinar Lanternas Verdes onde quer que os encontrasse, com o objetivo de aniquilar com a Tropa inteira. Ao saber que a Terra era o último local onde ainda poderia abrigar Lanternas, foi em busca de Stewart (então, não mais na ativa), enfrentando primeiramente Kyle Rayner, perdendo um braço na luta e sendo derrotada. Meses depois, retorna, desta vez, enfrentando Stewart diretamente, mas não sem antes encarar JADE, com um anel reserva dado por Kyle Rayner, e MERAYN DETHALIS, ex-Darkstar e mulher de Stewart, e derrotar as duas. Contudo, fora derrotada em seguida, num esforço conjunto entre Rayner e Stewart com sua energia esmeralda interior concedida na época da visita hospitalar por PARALLAX. O preço pela vitória, contudo, fora toda a energia esmeralda esgotar-se, e John novamente ficando paraplégico.
Meses depois, em uma visita a Fatalidade numa prisão especial de meta-humanos, Stewart descobre através da própria vilã, que nada de errado havia na sua coluna, fato constatado por Kyle Rayner com seus poderes de ÍON, sendo que este último também consertou uma espécie de bloqueio que a energia esmeralda residual vinha provocando nos impulsos nervosos cerebrais de John. Contudo, por uma questão puramente psicológica, John não andava, mesmo que tentasse. Fora necessária uma consulta de psicanálise com o renomado Dr. David Nephew, que hipnotiza seu paciente descobrindo, no final, que todo seu martírio psicológico originava-se na culpa por ter provocado um acidente de carro quando era garoto, onde dirigia um carro escondido e que causou a morte imediata de sua irmãzinha. Somente após conseguir a cura subconsciente com este tratamento, John voltou a andar normalmente.
Algum tempo depois, Kyle Rayner decepciona-se com a humanidade, por causa de um amigo seu ser violentamente espancado apenas por ser gay, e decide ausentar-se da Terra por um período indefinido. Deixa, contudo, um anel com Stewart, o convite para assumir o posto de Lanterna Verde da Terra e a vaga na Liga da Justiça. Stewart aceita e torna a ser o Lanterna Verde oficial do planeta.
